Studny pro jednotlivé domácnosti povolují vodoprávní úřady pověřených obecních úřadů, zatímco studny pro ostatní účely povoluje okres. Příslušný vodoprávní úřad je speciálním stavebním úřadem pro vodohospodářské stavby. Povolení pro stavbu studny může vydat jen se souhlasem obecného stavebního úřadu příslušného k vydání územního rozhodnutí, který ověřuje dodržení jeho podmínek (§ 120 zákona č. 50/1976 Sb.). Ten musí ověřit, zda budou stavbou studny dodrženy podmínky vydaných územních rozhodnutí a pokud nebylo územní rozhodnutí vydáno, musí nejprve provést územní řízení. Pokud je obecný stavební úřad zároveň i vodoprávním úřadem, může obě řízení sloučit do jednoho. Studny, umisťované v uzavřeném prostoru jiných existujících staveb, nevyžadují územní rozhodnutí a k zahájení vodoprávního řízení stačí vyjádření obecného stavebního úřadu o souladu navržené stavby studny se záměry územního plánování.
Podání žádosti o povolení k nakládání s vodami (k odběru podzemní vody) a ke stavebnímu povolení studny upravuje vyhláška Ministerstva zemědělství č. 432/2001 Sb., ve znění platném od 1.1.2004. Žádosti se podávají na formulářích, jejichž vzory obsahují přílohy citované vyhlášky.
- doklady o jednání s případnými účastníky vodoprávního řízení, pokud byla o věci vedena předem
- rozhodnutí, stanoviska, vyjádření, nebo souhlasy dotčených orgánů státní správy, týkající se dané věci, pokud to požadují zvláštní předpisy, jako podklad pro zahájení řízení
- kopii části katastrální mapy území, jehož se rozhodnutí týká
- projektovou dokumentaci stavby studny
- pokud se nejedná o studny pro jednotlivé domácnosti, tak stanovisko správce povodí
- údaje o jakosti vod, se kterými má být povoleno nakládat, a to v ukazatelích jakosti stanovených ve zvláštních právních předpisech
- doklady, které se připojují k žádosti o stavební povolení podle vyhlášky č. 132/1998 Sb.
- projektovou dokumentaci studny, která dále obsahuje:
1) požadovaný, popřípadě povolený rozsah nakládání s vodami a popis předpokládaného nakládání s vodami na vodu a na vodu vázané ekosystémy související se stavbou, a to jak v místě nakládání, tak v širším okolí
2) údaje (výčet a druh) o chráněných územích a ochranných pásmech stanovených podle zvláštních právních předpisů, pokud mohly být stavbou a nakládáním s vodami dotčeny
3) výsledky hydrogeologického průzkumu a čerpacích zkoušek vydatnosti vodních zdrojů
- povolení vodohospodářského úřadu k nakládání s vodami podle §8 vodního zákona, bylo-li vydáno pro stavbu studny předem jiným vodoprávním úřadem než příslušným k vydání stavebního povolení
- pokud se nejedná o studny pro jednotlivé domácnosti, tak stanovisko správce povodí
- vyjádření vodoprávního úřadu vydané k předmětu povolení podle §18 vodního zákona, pokud bylo vydáno jiným vodoprávním úřadem než příslušným k vydání stavebního povolení
- číslo hydrogeologického rajónu